地下一階に全ての改札がそろっています。ワンフロアーを覚えれば乗り換えも楽々。
しかも東西間違えても北・中央・南の三つの通路で行き来が楽々。
| 西口 | JR構内 | 東口 | |
| １階 | 東武線ホーム | ＪＲ線ホーム | 西武線ホーム・改札 |
| 地下一階 | 東武線改札 | ＪＲ線改札・地下鉄改札 | 西武線改札 |
| 地下二階 | 地下鉄ホーム |
| ２階 | ＪＲ南口改札 | ||
| １階 | ＪＲホーム | ||
| 地下一階 | ＪＲ西口改札・小田急線・京王線改札 | 小田急線各駅ホーム | ＪＲ東口改札 |
| 地下二階 | 京王線ホーム | 丸の内線改札 | |
| 地下三階 | 丸の内線ホーム | ||
| 京王新線・地下鉄新宿線ホーム | |||
| 地下鉄大江戸線ホーム |
| ３階 | ＪＲ改札・銀座線改札 | 地下鉄銀座線ホーム |
| ２階 | 井の頭線改札・東横線改札 | ＪＲ線・京王井の頭線・東急東横線ホーム |
| １階 | ＪＲ改札 | |
| 地下１階 | ||
| 地下２階 | 半蔵門線改札 | |
| 半蔵門線ホーム |
| ３階 | 公園口改札 | |
| ２階 | 山手線他ホーム | |
| １階 | しのばす口・浅草口改札 | 東北線他ホーム |
| 地下１階 | ||
| 地下２階 | 銀座線・日比谷線・京成線ホーム | |
| 地下３階 | 新幹線コンコース | |
| 地下４階 | 新幹線ホーム | |