レジストリのキーを作成するには RegCreateKeyEx() を使用する．

  HKEY hKey;
  DWORD dwDisposition;
  LONG result;

  result = RegCreateKeyEx( HKEY_CURRENT_USER,
                            "Software\\AAAA\\BBBB",
                            0,
                            "",
                            REG_OPTION_NON_VOLATILE,
                            KEY_ALL_ACCESS,
                            NULL,
                            &hKey,
                            &dwDisposition);

result が ERROR_SUCCESS であれば成功である．
hKey にはキーハンドル
dwDisposition には
  REG_CREATED_NEW_KEY      新規にキーを作成
  REG_OPENED_EXISTING_KEY  既存のキー
が格納される

ここからサブキーを作成するには hKey が作成した場所を指しているので，
  RegCreateKeyEx(hKey, "Ver1", ... );
のようにすれば "AAAA\BBBB\Ver1" が作成できる．