一種の秘密結社で、企業や国家との契約に従い隠密任務を行なっている。大抵は単一の企業や国家機関と密接な関係を持ち、複数と関係を持つものは少ない。企業の場合、企業の支配者一族の誰かの私兵となっている場合も多い。特にシアワセ一族は有力な一人一人がニンジャ集団を抱えているといわれている。
（ニンジャ集団をまるごと養えない企業や個人のために派遣を中心としたニンジャ集団もある。これはストリートニンジャと呼ばれ、装備や組織力などで企業などにまるごと雇用されているニンジャに大きく劣っている。また、ストリートニンジャは小規模な警備会社の形態を取ることが多い）
ニンジャ集団の掟は死をもってむくいる厳しいもので、一度入った場合、抜けることは死を意味する。
（そのかわり、潤沢な報酬と死後の心残りへの補償もあり、死を恐れぬようにしむけるようにしている）
発祥は不明だが、おおむね以下のような共通点がある。
幹部および幹部候補生よりなるマジカルグループ（上忍）によって忍軍の意志決定がなされる。このマジカルグループは主にフィジカルアデプトとフィジカルマジシャンによって構成されている。（シャーマンなども少数いる）
この他に下忍とよばれるマンデインによるメンバーがあり、忍軍の手足となっている。
この下忍の戦闘力は決して上忍に劣らないが、何らかの形で上忍に弱みや恩を受けていて、逆らうことはできない。特に、忍軍の資金力で改造されたサムライには絶対の忠誠を求められている。その保証のためにはあらゆる手がほどこされている。
（他にリガーやデッカーもいる）
下忍には「草」と呼ばれる潜入専門のメンバーがあり、これらはいずれかの企業の社員として雇用されたり、あるいは社員であったものを引っ張り込んだりしたものである。
「草」はさまざまな組織にひそんでおり、その立場を危うくしない程度の情報提供を行なっている。
（コンタクトあつかい）
もし「草」にその正体が露見するような協力を求める時には、「草」のその後を保証しなければならぬ関係上、上忍による評議会の許可が必要となる。
「草」でないニンジャたちの仕事はランナーに似ているものも多いが、ランナーと違うのは、彼らもまた組織の飼い犬である点である。
（これはストリートニンジャでも同様）
ベテラン上忍はニンジャ軍団の幹部であり、Okashiraに率いられたマジカルグループでも重きをなす存在です。人間としての素顔は決して残忍ではありませんが、必要と考えれば、どのような非情のことでも顔色一つ変えずにやってのけることができます。上忍は超人的な克己心と忍耐心を持つべく訓練されていますが、ベテラン上忍は数々の修羅場において、それらを体得したものばかりです。体得できなかったものは命を失っています。その非人間的なほどの自己抑制は、愛する者を手にかける時にもゆらぐことはありません。
しばしば、それらの行為が彼らにトラウマをうえつけ、将来の破滅の種となることは珍しくありません。
（上忍をコンタクトとして持てるのは、同じ忍軍の忍者か、忍軍の主である企業の人間だけです。ランナーである場合、コンタクトとして上忍を選択するならば、その上忍はストリート忍者のものであるとします）