1.Gaucher病(ゴーシェ病)
2.Niemann-Pick
A.B型(ニーマンピック A.B型)
3.Niemann-Pick
C型(ニーマンピック C型)
4.GM1ガングリオシドーシス
5.GM2ガングリオシドーシス Tay-Sachs病、Sandhoff病、AB型
(テイ-サックス病、サンドホフ病、AB型)
6.Krabbe病(クラッペ病)
7.異染性白質ジストロフィー
8.Multiple sufatase
欠損症(マルチプルサルファターゼ欠損症[MSD])
9.Farber病(ファーバー病)
10.Hurler/Scheie症候群
(ハーラー症候群/シャイエ症候群[ムコ多糖症1型])
11.Hunter症候群(ハンター症候群[ムコ多糖症2型])
12.Sanfilippo症候群(サンフィリッポ症候群[ムコ多糖症3型])
13.Moruqio症候群(モルキオ症候群[ムコ多糖症4型])
14.Maroteaux-Lamy症候群(マロトー・ラミー症候群[ムコ多糖症5型])
15.Sly病(ムコ多糖症6型)
16.シアリドーシス
17.ガラクトシアリドーシス
18.I-cell病ムコリピドーシス3型
19.α-マンノーシドーシス
20.β-マンノシドーシス
21.フコシドーシス
22.アスパルチルグルコサミン尿症
23.Schindler病/神崎病(シンドラー病)
24.Pompe病(ポンペ病[糖原病II型])
25.Wolman病(ウォルマン病)
26.Danon病
27.遊離シアル酸蓄積症
28.セロイドリポフスチノーシス
以上28疾患
注)ファブリー病(Fabry病)については、1999年4月より特定疾患治療研究事業の対象となっている