Ver 2.07d より rtmpdump.exe に渡すコマンドを指定できるようになりました。
手動でもコマンド文字列を指定できますが、簡単にコマンドを変更するモードがついています。
rtmpdump のコマンドについての詳しい仕様は以下のサイトを参照してください。
http://looooooooop.blog35.fc2.com/blog-entry-440.html
2011年5月23日以前に公開された番組（URLに fms.cmfm2.jp が含まれるもの）は ストレートモードを指定してダウンロードしてください。
逆に2011年5月23日以降に公開された番組（URLに fms.hibiki-radio.info が含まれるもの）は ライブモードを指定してダウンロードしてください。
仕様が変わったようでストレートモードでないと全番組ダウンロードできなくなりました。
2011.05.25 追記