日本にはドンコ（O. obscura）とイシドンコ（O. hikimius）の２種、韓国には別にコウライドンコ（O. platycephala）、セマダラドンコ（O. interrupta）、中国にカラドンコ（O. potamophila）がいる。全て純淡水性で卵から孵化した子供はすぐに底性生活を送る。 

ドンコ（山陰・琵琶・伊勢グループ） O. obscura, San-in-Biwa-Ise Group 　写真は滋賀県産． 　‘ドンコ’の確実な自然分布は愛知県-新潟県以西．ただし，地域によってかなり遺伝的な相違があり、何百万年にも及ぶ地域集団間の隔離があったことを示している（Sakai et al. 1998）． 　大きくは「山陰・琵琶・伊勢」「東瀬戸」「西瀬戸」「西九州」「匹見」の５グループに分かれており，その中でも特に「山陰・琵琶・伊勢」と「匹見」グループは他の地域集団から大きく分化している．「匹見グループ」はイシドンコとして新種記載されたが，「山陰・琵琶・伊勢」は残りのグループと同種とされている．

ドンコ（西九州グループ） O. obscura, West Kyushu Group 　写真は上は佐賀県産，下は鹿児島県産． 　東瀬戸・西瀬戸・西九州の３グループは，相互に近縁な一群としてまとめることができる．

イシドンコ　O. hikimius (2002.5.20撮影) 　2002年に新種記載された種類で、それまではドンコの匹見グループとして、他とは遺伝的に大きく分化した集団として知られていた（Iwata and Sakai, 2002）。 　頭部がやや平たいことや下顎の模様、頭部の孔器列などで‘ドンコ’から識別できる。 　現在の分布は島根県の一部水系の上流とその周辺に限られている。同じ水系の中〜下流に棲むドンコとの間には、わずかながら交雑が生じているらしい（酒井ほか，1999）。

　日本のドンコのmtDNAの系統は，大きく３群に分かれており，将来的にはそれぞれが別種として記載されるかもしれない（向井･西田，2003）．

　一つめの系統はアロザイム分析の山陰･琵琶・伊勢グループであり，外見的には胸鰭基底の黒斑は下が明瞭なことが多いようである．

　二つめの系統はイシドンコであり，記載論文に書かれた特徴（孔器列・顔の尖りかた・下顎の模様）以外にも，胸鰭基底の黒斑の上のほうが明瞭という特徴が見られる．

　三つめの系統はアロザイム分析の東瀬戸･西瀬戸・西九州の３グループを合わせたものであり，胸鰭基底の黒斑が二個，非常にはっきりと現れている．

山陰･琵琶･伊勢型（滋賀県産） 胸鰭基底の黒斑は，やや不明瞭，あるいは上下の大きさが不揃い．	イシドンコ（島根県産） 胸鰭基底の黒斑は，やや不明瞭で上が明瞭（？）
西瀬戸型（神奈川県産：国内移入魚） 胸鰭基底の黒斑は，上下とも明瞭	西九州型（佐賀県産） 胸鰭基底の黒斑は，上下とも明瞭

• 岩田明久（1987）ドンコ類-幼形成熟による種分化の可能性.　「日本の淡水魚類　その分布、変異、種分化をめぐって（水野信彦・後藤晃編）」東海大学出版会　p.91-101
• Iwata, A. and H. Sakai (2002) Odontobutis hikimius n. sp.: A new freshwater goby from Japan, with a key to species of the genus.  Copeia, 2002(1): 104-110.
• 向井貴彦・西田　睦（2003）日本産ドンコにおけるミトコンドリアDNAの系統と関東地方への人為移植の分子的証拠．魚類学雑誌，50：71-76．
• Sakai, H., A. Iwata and S-R. Jeon (1993) Genetic evidence supporting the existence of three distinct species in the genus Odontobutis (Gobiidae) from Japan and Korea.  Japan. J. Ichthyol. 40:61-64.
• Sakai, H., C. Yamamoto and A. Iwata (1998) Genetic divergence, variation and zoogeography of a freshwater goby, Odontobutis obscura.  Ichthyol. Res. 45:363-376.
• 酒井治己・田中善樹・辻井浩志・岩田明久・池田　至(1999)遺伝的に著しく異なるドンコ２グループの高津川水系およびその近隣河川における分布．魚類学雑誌，46：109-114．

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