日本にはナンヨウボウズハゼ（S. percnopterygionus）とハヤセボウズハゼ（S. imperiorientis），コンテリボウズハゼ（S. atropurpureus），カキイロヒメボウズハゼ（S. surrufus）の4種が知られている（米沢・岩田，2001）．
ハヤセボウズハゼは絶滅のおそれのある淡水魚にリストアップされており，ナンヨウボウズも業者による乱獲が噂される．カキイロヒメボウズハゼは，屋久島で１尾が観察・採集されたのみである．
| ナンヨウボウズハゼ S. percnopterygionus
（上 2001.11.21撮影： 下 2001.11.19撮影） 写真は小笠原産の雄（上）と雌（下）．
Stiphodon percnopterygionus, male (upper) and female (lower), collected from Ogasawara, Japan. Photo by T. Mukai. |
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| ナンヨウボウズハゼ S. percnopterygionus
（撮影／高田光章氏） 写真は沖縄島産．青黒い色彩の個体も存在する．これはコンテリボウズハゼではないかといわれた写真だが，ナンヨウボウズハゼの青色型である．色彩多型が遺伝的なものか環境によるものかなどはよくわかっていない． Stiphodon percnopterygionus, male, dark-blue type, in Okinawa, Japan. Photo by Mitsuaki Takada. |
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| コンテリボウズハゼ S. atropurpureus
（上 たろう氏撮影，下 2002.3.2 東陽一郎氏撮影） ナンヨウボウズハゼやハヤセボウズハゼよりも鱗が粗く（＝縦列鱗数が少なく），第一背びれの棘が伸びず，胸鰭に黒点がない．
Stiphodon atropurpureus, male (upper) and female (lower). Female specimen was collected from Okinawa, Japan. Upper photo by Taro, Lower photo by Yoichiro Azuma. |
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| ナンヨウボウズハゼ属の１種 S. pelewensis ？ （2002年7月 仲村将蔵氏撮影） パラオで採集された．形態的特徴はハヤセボウズハゼに似ている． 同じ種類と思われる写真はダイビングワールド（マリン企画）の2003年11月号p.52にも掲載されている． Stiphodon pelewensis, collected from Palau. Photo by Shozo Nakamura. |
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| “ニジイロボウズハゼ”(ナンヨウボウズハゼ属の１種) S. sp. 近年，観賞魚として輸入されるようになった種類．詳細は不明．ｍｔDNAの系統は上のS.pelewensisと極めて近い． サイパン島に類似した種類が分布する（魚類写真資料データベースKPM-NR0016261A - 0016269A）が，同じ種類かどうかは不明． インドネシアに分布するS. weberiとも似ている． マレイシアのティオマン島でも似たのを見かけたのだが・・・・採れなかった。（ティオマン島からはコンテリボウズハゼの記録あり（Ng et al., 1999）） Stiphodon sp., bought from an aquarium shop. Photo by T. Mukai. |
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| ナンヨウボウズハゼ属の１種 S. sp. （2003.11.18撮影） 2003年秋ごろ，多くの観賞魚店に出回った種類で，海外でも同時期に売られていたようだ（Delventhal, 2003）．写真はオス． Stiphodon sp., male. Photo by T. Mukai. |
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| ナンヨウボウズハゼ属の１種 S. sp. （2004.1.3撮影） 2003年に上のナンヨウボウズハゼ属の１種と同時に販売されていたメス．特徴的な横帯や頭部背面の黒点などから，同じ種類のメスと考えていたが，mtDNAの部分塩基配列を比較すると，同産地の同種にしてはやや違いが大きいので（ND5遺伝子で約2%），類似した別種の可能性もある．いずれにしても種不明． Stiphodon sp., female. Photo by T. Mukai. |
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