| 和名 | 学名 | 県評価 | 国評価 |
| ワカサギ | Hypomesus transpacificus nipponensis MCALLISTER,1963 | 絶滅 | |
| シナイモツゴ | Pseudorasbora pumila pumila MIYADI,1930 | 絶滅 | 絶滅危惧ⅠＢ類 |
| ミヤコタナゴ | Tanakia tanago (Tanaka,1909) | 絶滅 | 絶滅危惧ⅠＡ類 |
| ゼニタナゴ | Acheilognathus typus (BLEEKER,1863) | 絶滅 | 絶滅危惧ⅠＢ類 |
| クルメサヨリ | Hemiramphus kurumeus (JORDAN et STARKS,1903) | 絶滅 | |
| スナヤツメ | Lamptera mitsukurii HATTA,1901 | 絶滅危惧Ⅰ類 | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| カワヤツメ | Lamptera japonica (VON MARTENS,1868) | 絶滅危惧Ⅰ類 | |
| キンブナ | Carassius auratus subsp. | 絶滅危惧Ⅰ類 | |
| ヤリタナゴ | Tanakia lanceolata (TEMMINCK et SCHLEGEL,1846) | 絶滅危惧Ⅰ類 | |
| タナゴ | Acheilognathus melanogaster BLEEKER,1860 | 絶滅危惧Ⅰ類 | 準絶滅危惧 |
| アカヒレタビラ | Acheilognathus tabira subsp. | 絶滅危惧Ⅰ類 | |
| メダカ | Oryzias latipes (TEMMINCK et SCHLEGEL,1846) | 絶滅危惧Ⅰ類 | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| ジュズカケハゼ | Chaenogobius laevis(STEINDACHNER,1879) | 絶滅危惧Ⅰ類 | 地域個体群 |
| ホトケドジョウ | Lefua echigonia JORDAN et RICHARDSON,1907 | 絶滅危惧Ⅱ類 | 絶滅危惧ⅠＢ類 |
| ギバチ | Pseudobagrus aurantiacus (TEMMINCK et SCHLEGEL,1846) | 絶滅危惧Ⅱ類 | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| アカザ | Liobagrus reini HILGENDORF,1878 | 絶滅危惧Ⅱ類 | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| シマドジョウ | Cobitis biwae JORDAN et SNYDER,1901 | 準絶滅危惧 | |
| ウキゴリ | Chaenogobius annularis (GILL,1859) | 準絶滅危惧 | |
| カジカ | Cottus pollux GUNTHER,1873 | 準絶滅危惧 | |
| サケ | Oncorhynchus keta (WALBAUM,1792) | 注目 | |
| サクラマス | Oncorhynchus masou (BREBOORT,1856) | 注目 | |
| マルタ | Tribolodon taczanowskii (STEINDACHNER,1881) | 注目 | |
| アブラハヤ | Moroco steindachneri (SAUVAGE,1883) | 注目 | |
| カマツカ | Pseudogobio esocinus (TEMMINCK et SCHLEGEL,1846) | 注目 | |
| ボラ | Mugri cephalus LINNAEUS,1758 | 注目 | |
| スズキ | Lateolabrax japonicus (CUVIER,1828) | 注目 | |
| イワナ | Salvelinus pluvius (HILGENDORF,1878) | 地域個体群 | |
| ヤマメ | Oncorhynchus masou (BREBOORT,1856) | 地域個体群 | 地域個体群 |