地域指定天然記念物（自治体指定）：資料不足不完全
都道府県指定
北海道
ユルリ、モユルリ島海鳥繁殖地（根室市）
青森県
大湊湾の白鳥 
あおもりの文化財
十三湖の白鳥 あおもりの文化財
小川原湖の白鳥 あおもりの文化財
藤崎のハクチョウ あおもりの文化財
岩手県
佐賀部のウミネコ繁殖地（田老町） いわての文化
青松島集団繁殖地 いわての文化
秋田県
アオサギ繁殖地（男鹿市男鹿山国有林）
大須郷のウミウ繁殖地（にかほ市象潟町）
宮城県
大指海域および双子島、鞍掛島、蹄島、黒島のウミネコ、ゴイサギ、アメツバメ、ウトウ等の繁殖地 宮城県 文化財
茨城県
ウミウ渡来地（目立市川尻町） 茨城県教育委員会
栃木県
矢板市山田地区のチョウゲンボウ繁殖地 栃木県総合境域センター
神奈川県
城ケ島のウミウ、ヒメウ及びクロサギの生息地
大磯照ヶ崎のアオバト集団飛来地
山梨県
ブッポウソウ等繁殖地窪八幡神社（山梨市）
檜峰神社のコノハズク生息地（笛吹市）
兵庫県
沼島のウミウ渡来地（三原郡南淡町）
和歌山県
海猫および海猫繁殖地・弁天島（美浜町）
島根県
沖蛇島のウミネコ繁殖地
岡山県
やませみ生息地（富村のやませみ生息地）
市町村指定
北海道
枝幸町指定
- 音標のごめ島 枝幸市 遺跡・ 文化財マップ
長野県
佐久市指定
- チョウゲンボウ（伴野倉瀬鳴瀬城跡） 長野県の文化財
長門町指定
- チョウゲンボウ繁殖地（立岩駒形岩） 長野県の文化財
岡谷市指定
- 小坂観音院のブッポウソウ繁殖地 長野県の文化財
京都府
舞鶴市指定
- ウミネコ・ヒメクロウミツバメの繁殖地沓島
地域指定天然記念物
国際的に重要な生息地
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