10mg/mL ssDNA
SIGMAのDNA Sodium Salt from Salmon Testes 1gを注文しておく
(product No. D1626)
空になったssDNAの瓶(洗わなくてよい)にDNA 1gをピンセット(EtOHで拭いて)
でつまみ入れる。TE8 40mlでDNAの入っていた容器を洗い込み、瓶に移す。
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A.C.へ (溶け残っていてもよい)
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50mlチューブ2本に分ける
TE8 10mlで瓶の中に残った液を洗い込み、チューブに移す
(ssDNAの瓶は洗ってA.C.)
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― 時間がない時はここで4℃にてO/N ―
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(ここから遠心がすべて終わるまでは手袋をして作業をした方がよい)
Phenol/TE8を等量加えてよく混ぜる
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遠心 20℃ 4500rpm 1hr
(チューブがもたなくて漏れるかもしれないので、30minぐらいでチューブの状態をみる)
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上層をポリピペットで別チューブに移し、P/C/Iを等量加えてよく混ぜる
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遠心 20℃ 4000rpm 15min
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上層をポリピペットで別チューブに移し、P/C/Iを等量加えてよく混ぜる
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遠心 20℃ 4000rpm 15min
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上層をポリピペットで別チューブに移し、24:1 クロロホルムイソアミルを等量加えて
よく混ぜる
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遠心 20℃ 4000rpm 15min
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上層を別チューブ1本にまとめて全体量をみる
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50mlチューブ4本に分ける
1/10量の3M CH3COONa 及び 等量の2-propanol を加え、白濁するぐらい軽く振る
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室温にて1〜15min or -20℃にてO/N
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遠心 4℃ 4800rpm 20min (分離の状態を見て、不十分ならもう少し遠心する)
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上清を捨てて、70% EtOH 5〜10mlで洗う
※沈殿に直接EtOHをあてないようにチューブの壁面にあてながら入れ、
沈殿を壊さないようにEtOHを捨てる
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EtOHをよくきってから、デシケーターで乾燥 (乾燥すると透明になってくる)
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TE8 15mlずつで溶かす。溶けにくいので4℃にてO/N後、shaker上へ
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A.C.済ssDNA瓶に集め、各チューブは5mlで洗い込む (Total:80ml)
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O.D. checkしながらTE8を加え10mg/mlにする
< ssDNAのO.D. check > *濃度の薄い順に測定(短いセルを用いる)
・blank(A.C. D3W)
・×1000希釈
・× 500希釈
・× 200希釈
A1 → 核酸 260nm A2 → タンパク 280nm
A1/A2が1.8〜2.0の範囲内なら核酸純度が高くO.K.
吸光度 × 50 × 希釈率 = DNA濃度(μg/ml) *1O.D.は50μg/ml