2006年度実力校ランキング
| 順位 | 高校名称 | 得点 | 都道府県 | 地区 | 前年度順位 |
| 2位 | 智弁和歌山 | 160.9 | 和歌山 | 近畿 | 前年度4位 |
| 3位 | 明徳義塾 | 146.6 | 高知 | 四国 | 前年度1位 |
| 4位 | 東北 | 145.6 | 宮城 | 東北 | 前年度2位 |
| 5位 | 駒大苫小牧 | 145.3 | 南北海道 | 北海道 | 前年度7位 |
| 6位 | 愛工大名電 | 125.1 | 愛知 | 東海 | 前年度3位 |
| 7位 | 大阪桐蔭 | 124.0 | 大阪 | 近畿 | 前年度9位 |
| 8位 | 関西 | 121.6 | 岡山 | 中国 | 前年度15位 |
| 9位 | 東海大相模 | 115.9 | 神奈川 | 関東 | 前年度17位 |
| 10位 | 早稲田実 | 112.7 | 西東京 | 東京 | 前年度88位 |
| 11位 | 常総学院 | 108.0 | 茨城 | 関東 | 前年度5位 |
| 12位 | 浦和学院 | 107.7 | 埼玉 | 関東 | 前年度6位 |
| 13位 | 福井商 | 104.6 | 福井 | 北信越 | 前年度12位 |
| 14位 | 済美 | 98.1 | 愛媛 | 四国 | 前年度8位 |
| 15位 | 日大三 | 98.0 | 西東京 | 東京 | 前年度13位 |
| 16位 | 天理 | 94.6 | 奈良 | 近畿 | 前年度16位 |
| 17位 | 広陵 | 93.7 | 広島 | 中国 | 前年度11位 |
| 18位 | 鳴門工 | 88.0 | 徳島 | 四国 | 前年度10位 |
| 19位 | PL学園 | 87.2 | 大阪 | 近畿 | 前年度24位 |
| 20位 | 光星学院 | 81.8 | 青森 | 東北 | 前年度30位 |
| 21位 | 京都外大西 | 81.5 | 京都 | 近畿 | 前年度20位 |
| 22位 | 清峰 | 77.8 | 長崎 | 九州 | 前年度100位 |
| 23位 | 高知商 | 75.5 | 高知 | 四国 | 前年度43位 |
| 24位 | 青森山田 | 74.3 | 青森 | 東北 | 前年度22位 |
| 25位 | 甲府工 | 68.6 | 山梨 | 関東 | 前年度25位 |
| 26位 | 平安 | 67.3 | 京都 | 近畿 | 前年度27位 |
| 27位 | 福知山成美 | 65.7 | 京都 | 近畿 | 前年度56位 |
| 28位 | 熊本工 | 65.0 | 熊本 | 九州 | 前年度54位 |
| 29位 | 桐生第一 | 64.0 | 群馬 | 関東 | 前年度23位 |
| 30位 | 遊学館 | 63.1 | 石川 | 北信越 | 前年度21位 |
| 沖縄尚学 | 63.1 | 沖縄 | 九州 | 前年度26位 | |
| 32位 | 徳島商 | 60.7 | 徳島 | 四国 | 前年度33位 |
| 33位 | 金沢 | 60.6 | 石川 | 北信越 | 前年度31位 |
| 34位 | 秋田商 | 58.8 | 秋田 | 東北 | 前年度50位 |
| 東邦 | 58.8 | 愛知 | 東海 | 前年度19位 | |
| 36位 | 仙台育英 | 58.4 | 宮城 | 東北 | 前年度69位 |
| 37位 | 履正社 | 58.3 | 大阪 | 近畿 | 前年度64位 |
| 38位 | 中部商 | 57.5 | 沖縄 | 九州 | 前年度58位 |
| 39位 | 東海大甲府 | 56.4 | 山梨 | 関東 | 前年度76位 |
| 40位 | 春日部共栄 | 55.0 | 埼玉 | 関東 | 前年度29位 |
| 41位 | 今治西 | 54.7 | 愛媛 | 四国 | − |
| 42位 | 神港学園 | 54.4 | 兵庫 | 近畿 | − |
| 43位 | 京都成章 | 54.0 | 京都 | 近畿 | 前年度75位 |
| 44位 | 高知 | 53.4 | 高知 | 四国 | 前年度35位 |
| 45位 | 桐光学園 | 53.2 | 神奈川 | 関東 | 前年度28位 |
| 46位 | 社 | 52.4 | 兵庫 | 近畿 | 前年度40位 |
| 47位 | 八重山商工 | 52.2 | 沖縄 | 九州 | − |
| 48位 | 小松島 | 51.5 | 徳島 | 四国 | 前年度78位 |
| 49位 | 高陽東 | 50.8 | 広島 | 中国 | 前年度32位 |
| 50位 | 智弁学園 | 50.4 | 奈良 | 近畿 | 前年度49位 |
| 51位 | 樟南 | 48.7 | 鹿児島 | 九州 | 前年度34位 |
| 52位 | 拓大紅陵 | 47.5 | 千葉 | 関東 | 前年度43位 |
| 53位 | 帝京 | 47.4 | 東東京 | 東京 | − |
| 54位 | 近江 | 46.3 | 滋賀 | 近畿 | 前年度41位 |
| 55位 | 延岡学園 | 46.0 | 宮崎 | 九州 | − |
| 56位 | 報徳学園 | 45.5 | 兵庫 | 近畿 | 前年度87位 |
| 岡山城東 | 45.5 | 岡山 | 中国 | 前年度53位 | |
| 58位 | 如水館 | 44.8 | 広島 | 中国 | 前年度94位 |
| 59位 | 日大山形 | 44.6 | 山形 | 東北 | − |
| 60位 | 今治北 | 43.8 | 愛媛 | 四国 | − |
| 61位 | 東洋大姫路 | 43.1 | 兵庫 | 近畿 | − |
| 62位 | 福工大城東 | 42.7 | 福岡 | 九州 | 前年度90位 |
| 63位 | 神戸国際大付 | 42.2 | 兵庫 | 近畿 | 前年度18位 |
| 64位 | 宇部商 | 42.0 | 山口 | 中国 | 前年度38位 |
| 65位 | 日本文理 | 41.8 | 新潟 | 北信越 | − |
| 66位 | 尽誠学園 | 41.1 | 香川 | 四国 | 前年度42位 |
| 67位 | 鹿児島工 | 40.9 | 鹿児島 | 九州 | − |
| 68位 | 慶応 | 40.6 | 神奈川 | 関東 | 前年度48位 |
| 69位 | 神村学園 | 40.5 | 鹿児島 | 九州 | 前年度63位 |
| 70位 | 中京 | 40.2 | 岐阜 | 東海 | 前年度67位 |
| 71位 | 岐阜城北 | 40.1 | 岐阜 | 東海 | − |
| 72位 | 八幡商 | 37.6 | 滋賀 | 近畿 | − |
| 73位 | 開星 | 37.4 | 島根 | 中国 | − |
| 74位 | 酒田南 | 37.1 | 山形 | 東北 | 前年度52位 |
| 75位 | 羽黒 | 35.9 | 山形 | 東北 | 前年度62位 |
| 76位 | 藤代 | 34.8 | 茨城 | 関東 | 前年度65位 |
| 国士舘 | 34.8 | 東東京 | 東京 | 前年度79位 | |
| 78位 | 広島商 | 33.9 | 広島 | 中国 | 前年度95位 |
| 79位 | 倉敷商 | 33.5 | 岡山 | 中国 | − |
| 80位 | 鷲宮 | 32.8 | 埼玉 | 関東 | − |
| 81位 | 岩国 | 31.9 | 山口 | 中国 | 前年度73位 |
| 82位 | 大商大堺 | 31.4 | 大阪 | 近畿 | 前年度71位 |
| 柳川 | 31.4 | 福岡 | 九州 | 前年度96位 | |
| 波佐見 | 31.4 | 長崎 | 九州 | 前年度100位 | |
| 85位 | 千葉経大付 | 30.4 | 千葉 | 関東 | − |
| 86位 | 宇治山田商 | 30.1 | 三重 | 東海 | − |
| 87位 | 作新学院 | 30.0 | 栃木 | 関東 | 前年度83位 |
| 88位 | 敦賀気比 | 29.8 | 福井 | 北信越 | 前年度77位 |
| 宮崎日大 | 29.8 | 宮崎 | 九州 | − | |
| 90位 | 埼玉栄 | 29.7 | 埼玉 | 関東 | 前年度74位 |
| 91位 | 都城商 | 29.6 | 宮崎 | 九州 | 前年度91位 |
| 92位 | 日大東北 | 29.4 | 福島 | 東北 | − |
| 93位 | 育英 | 29.0 | 兵庫 | 近畿 | 前年度36位 |
| 94位 | 県岐阜商 | 28.6 | 岐阜 | 東海 | − |
| 柳ヶ浦 | 28.6 | 大分 | 九州 | 前年度81位 | |
| 96位 | 成田 | 27.9 | 千葉 | 関東 | − |
| 97位 | 文星芸大付 | 27.8 | 栃木 | 関東 | − |
| 98位 | 南部 | 27.4 | 和歌山 | 近畿 | 前年度37位 |
| 99位 | 金沢桜丘 | 27.2 | 石川 | 北信越 | − |
| 100位 | 市尼崎 | 27.0 | 兵庫 | 近畿 | − |