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ペアリングによる最適化の解説は後にして、まず下記プログラムを動かして処理時間を見て下さい。
それにしても、プログラムはスパゲッティです。決して読めた代物ではありません。
ただ、あまり速くならない、ペアリングの考えがまだ浅いのでしょうか。
また後で、じっくり考えましょう。

#pragma warning( disable : 4799 ) // Disables EMMS warning for inline assembly

#include "amd3d.h"
#include <windows.h>
#include <math.h>
#include <stdio.h>

typedef struct vector {
    float    x,y;
} vector;

mtrx(float a[4], float b[4][4], float c[4])
{
    _asm{
        mov         edi,a             // edi = 配列a[0]のアドレス
        mov         ebx,b             // ebx = 配列b[0][0]のアドレス
        mov         ecx,c             // ecx = 配列c[0]のアドレス

        movq    mm0,[edi]         // mm0:                 a[1]:             a[0]
        movq    mm1,[edi+8]         // mm1:                 a[3]:             a[2]
        movq    mm2,[ebx]         // mm2:             b[0]b[1]:         b[0]b[0]

        movq    mm3,[ebx+8]         // mm3:             b[0]b[3]:         b[0]b[2]
        pfmul    (m2,m0)             // mm2:     a[1]*b[0]b[1]: a[0]*b[0]b[0]

        movq    mm4,[ebx+16]     // mm4:             b[1]b[1]:         b[1]b[0]
        pfmul    (m3,m1)             // mm3:     a[3]*b[0]b[3]: a[2]*b[0]b[2]

        movq    mm5,[ebx+24]     // mm5:             b[1]b[3]:         b[1]b[2]
        pfadd    (m2,m3)             // mm2:

        pfmul    (m4,m0)             // mm4:     a[1]*b[1]b[1]: a[0]*b[1]b[0]
        pfacc    (m2,m2)             // mm2:     a[3]*b[0]b[3]+a[2]*b[0]b[2]+a[1]*b[0]b[1]+a[0]*b[0]b[0]

        pfmul    (m5,m1)             // mm4:     a[3]*b[1]b[3]: a[2]*b[1]b[2]
        movd    [ecx],mm2         // c[i] = mm2

        pfadd    (m4,m5)             // mm4:
        movq    mm6,[ebx+32]     // mm6:             b[2]b[1]:         b[2]b[0]

        pfacc    (m4,m4)             // mm4:     a[3]*b[1]b[3]+a[2]*b[1]b[2]+a[1]*b[1]b[1]+a[0]*b[1]b[0]
        movq    mm7,[ebx+40]     // mm7:             b[2]b[3]:         b[2]b[2]

        pfmul    (m6,m0)             // mm6:     a[1]*b[2]b[1]: a[0]*b[2]b[0]
        movd    [ecx+4],mm4         // c[1] = mm4

        pfmul    (m7,m1)             // mm7:     a[3]*b[2]b[3]: a[2]*b[2]b[2]
        movq    mm2,[ebx+48]     // mm2:             b[3]b[1]:         b[3]b[0]

        pfadd    (m6,m7)             // mm6:
        movq    mm3,[ebx+56]     // mm3:             b[3]b[3]:         b[3]b[2]

        pfacc    (m6,m7)             // mm6:     a[3]*b[2]b[3]+a[2]*b[2]b[2]+a[1]*b[2]b[1]+a[0]*b[2]b[0]
        movd    [ecx+8],mm6         // c[2] = mm6

        pfmul    (m2,m0)             // mm2:     a[1]*b[3]b[1]: a[0]*b[3]b[0]
        pfmul    (m3,m1)             // mm3:     a[3]*b[3]b[3]: a[2]*b[3]b[2]
        pfadd    (m2,m3)             // mm2:
        pfacc    (m2,m2)             // mm2:     a[3]*b[3]b[3]+a[2]*b[3]b[2]+a[1]*b[3]b[1]+a[0]*b[3]b[0]
        movd    [ecx+12],mm2     // c[3] = mm2
    }
}

main()
{
    float    a[4]={0,1,1,0};
    float     b[4][4]={{1,0,0,0},{0,0,1,0},{0,-1,0,0},{0,0,0,1}};
    float    c[4];
    char    buf[80];

long    n;
    DWORD    dt1,dt2;
    double    ddt;
   
    dt1 = GetTickCount();

    _asm{
        femms
    }
    for(n=0;n<100000000;n++)
    {
        mtrx(a,b,c);
    }
    _asm{
        femms
    }

    dt2 = GetTickCount();
    ddt = (double)(dt2-dt1)/1000.0;
    sprintf(buf,"%f %f %f %f\n3DNow!による処理時間は %.3f 秒です",c[0],c[1],c[2],c[3],ddt);
    MessageBox(GetDesktopWindow(), buf,"Test 3DNow!",MB_OK);
}