現在エストニア語で使われる語彙のうち，約 6000 語はフィン・ウゴル系と考えられ，中でも，次にあげる語を含む約 1000 語は，フィン祖語より古い時代にさかのぼる語彙とされている。
| ema | 母親 | isa | 父親 | kala | 魚 | kuusk | モミ，トウヒ |
| käsi | 手 | lind | 鳥 | maa | 大地，国 | nool | 矢 |
| nõid | 魔女 | pea | 頭 | suusk | スキー | andma | 与える |
| minema | 行く | olema | いる，ある | tegema | する，作る |
バルト・フィン系の語彙，すなわち，フィン祖語に遡ると考えられているのは，次のような語である。
| aeg | 時間 | huul | 唇 | hobune | 馬 | linn | 町 |
| must | 黒い | põõsas | 灌木 | sõna | 語，ことば | tahtma | 欲する |
エストニア語の借用語彙のほとんどは，インド・ヨーロッパ系である。そのうち，非常に古いものは，他のバルト・フィン諸語にも見られる。
| インド・イラン系，ないし，より古い印欧系借用語 | |||
|---|---|---|---|
| mesi | ハチミツ | põrsas | 子豚 |
| sada | 100 | sarv | 角(つの) |
| vasar | つち(鎚，槌) | ||
| バルト系借用語 | |||
| hein | 干し草 | hõim | 部族，民族 |
| härg | 雄牛 | kirves | 斧 |
| sein | 壁 | ||
| ゲルマン系借用語 (主としてスカンジナビア系) | |||
| ader | 鋤 | kuningas | 王 |
| laev | 船 | lammas | 羊 |
| mõõk | 刀 | rikas | 裕福な |
| rukis | ライ麦 | varas | 泥棒 |
| スラブ系借用語 (古ロシア語) | |||
| aken | 窓 | raamat | 書物 |
| rist | 十字架 | sirp | 鎌 |
比較的新しい，エストニア語に特有の借用語には次のような語がある。
| ラトビア語から | |||
|---|---|---|---|
| kauss | 鉢，ボール | palakas | シーツ(方言) |
| täkk | 種馬 | ||
| 低地ドイツ語から | |||
| kool | 学校 | kütt | 猟師 |
| piiskop | 主教，司教 | püss | 銃 |
| tool | 椅子 | vokk | 糸車，紡ぎ車 |
| ロシア語から | |||
| jaam | 駅 | kõrts | 居酒屋 |
| lodi | はしけ，屋形船 | mässama | 叛乱をおこす |
| pliit | レンジ(調理用) | ||
| スウェーデン語から | |||
| kratt | 鬼，小悪魔 | kroonu | 王位，政権 |
| moor | 老婆 | näkk | 水の精 |
| pagar | パン屋 | tasku | ポケット |
| tont | 幽霊 | vaar | 老人 |
| 高地ドイツ語から | |||
| hunt | オオカミ | kartul | ジャガイモ |
| pirn | 梨 | saal | ホール |
| フィンランド語から | |||
| huvitama | 興味をもたせる | mugav | 快適な |
| nautima | 楽しむ | ühiskond | 社会 |
エストニア語の語彙の特色は，20世紀に入ってから，多数の新造語が人工的に作られ，実際に使われていることである。多くの新造語は，その考案者の名前が特定されている。たとえば，
| Johannes Aavik (1880-1973) | |||
|---|---|---|---|
| embama | 抱く，抱き合う | ese | 物体，物 |
| laip | 遺体，死体 | laup | 額，眉 |
| lünk | 割れ目，空所 | meenuma | 覚えている，思い出す |
| mõrv | 殺人 | nentima | 述べる |
| nördimus | 憤り | reetma | 欺く |
| relv | 武器 | siiras | 誠実な |
| taunima | 咎める | veenduma | 確信する |
| Johannes Voldemar Veski (1873-1968) | |||
| arvutama | 計算する | avastus | 発見 |
| elamu | 住居 | hüvitus | 補償，償い |
| imik | 乳幼児 | juhis | 指示，指令 |
| käimla | 便所 | nakkus | 感染，伝染 |
| otsmik | 額 | põlvnema | 由来する |
| ravi | 治療 | sajand | 世紀 |
| trükis | 印刷物 | uluk | 野生動物 |
| väetis | 肥料 | üllas | 高貴な |