玖珠における布教の歴史は古く、イエズス会により大友宗麟の時代、天正の始めごろから開始された。

一五八三年（天正一一年）には「当地には千人以上のキリシタンがおり昨年は三百人が受洗した」と報告されている。

　玖珠町にプロテスタントの布教が再開されたのは一九一三年（大正二年）の事である。
　九重町では一九四九年（昭和二四年）布教が再開され、豊後中村、恵良にそれぞれ伝道所が設立され、後の東飯田教会となった。

　合同前の森教会は、当時玖珠に住んでいたクリスチャン８人を中心に現在の森町において礼拝が守られるようになり、一九一七年（大正六年）森町鉄砲町に日本基督教会の森伝道所が設立された。

この教会はメソジスト教会であり、久留島武彦氏の学んだ関西学院大学神学部（現在）と同じ教派であった。園田勇吉氏が設立後の最初の受洗者（会員）となった。

この頃は久留島藩御殿跡に玖珠郡役所があり、近くの郡会議場でキリスト教の講習会なども度々開かれた。

一九四一年（昭和一六年）日本のキリスト教会合同により日本基督教団森教会と改称する。

　現在の玖珠教会は、一九六九年、玖珠郡の拠点として、玖珠町、九重町の二つの教会が合同したものである。

　以来、地域への奉仕として、教会附属のキリスト教主義の保育事業を設立、以来３６年間継続している。