弘仁６年、平城天皇の勅を受けた弘法大師が厄除け薬師如来を刻み本尊とし、厄除
けの根本道場として開基したお寺です。以来、嵯峨，淳和，後鳥羽天皇の尊信あつく、
天皇は歴代にわたり、厄除け祈願の勅使を薬王寺に下向されています。
　文治４年（１１８８）の火災のとき、本尊は自ら西の玉厨子山に飛び去り、のちに
後醍醐天皇が堂塔を再建して新しい薬師如来を安置すると再び戻ってこられ、後ろ向
きに本堂に入られました。「後ろ向き薬師」と呼ばれるのはこのためです。
　現在、本堂には二体の薬師如来が祀られています。