ともだち暦３年の東京。ユキジは柔道場を開き、少年少女に柔道を指導していたが、ある日突然閉鎖を告げる。その日、ユキジの家にカンナ、オッチョ、ヨシツネがやってきた。ユキジはすでにカンナの決意を知っていた。ユキジはあえて止めず、同行するという。ただし、カンナの母＝遠藤貴理子に会うように言う。そこへ、市原節子弁護士が加わった。市原はキリコの消息を探っていたのだ。
2015年、アメリカの製薬工場爆発事件発生。ウィルスのワクチンを大量生産する予定だったが、テロリストによって爆破されたことになっている。しかし、これは“ともだち”による破壊工作で、工場でワクチンの開発を行っていたキリコは “ともだち”に拉致された。その後キリコは帰国。現在は東村山の共同体で生活しているという。
しかし、カンナはキリコに会わずに“ともだち”と決着をつけに行くという。オッチョとユキジも同行することになり、ヨシツネに後を任せた。ヨシツネは「絶対にかえってこいよ」と送りだす。
2000年、ケロヨンの元にもケンヂから戦いに加わってほしいという連絡が入っていた。しかしケロヨンは無視し続けた。そして「血の大みそか」が起こる。ケンヂを無視した自分を許すことができなくなったケロヨンは、アメリカへ渡り、そばの腕を磨いた。そこへ2015年のアメリカ・ミシガン州の製薬工場委爆破事件。ケロヨンは工場に乗り込み、キリコを救出する。その後キリコとともに拉致されるが、なぜか解放された。ただし、キリコによると、「世界の主要都市上空に空飛ぶ円盤が襲来し、地球最後の日を迎える」という。今も自分を責め続けるケロヨンに、マルオは「俺達と戦おう」と言う。
キリコの回想････1997年、フクベエと結ばれ、女の子を出産する。しかしフクベエには不審な行動が多かった。後をつけたキリコは、フクベエが“ともだち”と名乗り、人類滅亡という危険な予言を行っていることを知る。フクベエの元を逃げ出したキリコは、カンナをケンヂに預け、警察に“ともだち”に関するすべてを告発する。しかし、警察はすでに“ともだち”の支配下にあった。そしてワクチン開発の日々、山根博士との対決、製薬工場爆破事件、帰国････。
キリコは東村山でも新たなワクチンの開発を行っていた。そして自らワクチンを打ち、ウィルスに冒されるという人体実験を試みていた。
一方、カンナたち３人は“ともだち”の本部へやってきた。万丈目胤舟の配下にある「親友隊」によりすんなりと検問を突破するが、カンナはオッチョとユキジを巻きぞえにしないために、あえて二人をとらえさせる。
ついに“ともだち”と対峙するカンナだったが、“ともだち”が本当の“ともだち”ではないことを見抜く。カンナをだまし続けることができないと判断した“ともだち”は、即座に部下に「絶交」を命じる。次の瞬間、カンナは“ともだち”に手榴弾を向け人質にとり、脱出をはかった。正体は誰と迫るカンナに、“ともだち”は「ケンヂが知っている。僕こそが20世紀少年だ」と告げる。
一方、とらえられたオッチョとユキジは、万丈目の部屋へ案内される。そこには万丈目の死体があった。自ら「せいぼ」となる野心を抱いた高須光代によって殺害されていたのだ。これによって、「親友隊」のクーデターも葬り去られた。二人は脱出をはかるが、その途中、「空飛ぶ円盤」を発見する。“ともだち”の自作自演の宇宙人襲来計画を見抜く二人。その前に現れたのは、科学技術省長官であるマー坊だった。過去の裏切り行為を許せないオッチョに対し、マー坊は企業の論理を説く。しかし、今は万丈目派となっていた。マー坊は、Ｙ＆Ｍコーポレーションの代表者であるヤン坊のもとへ二人を案内する。
ヤン坊マー坊は、修理屋を営む敷島教授のところへ通っていた。教授は、「血の大みそか」で使われた巨大ロボットを開発した自分を責め続けていた。その教授に、ヤン坊マー坊は、もう一度ロボットを作らないかと誘う。“ともだち”の「空飛ぶ円盤」に対抗するためだった。マー坊に案内されてオッチョとユキジが教授のもとへついたとき、新しいロボットは完成していた。
人体実験が進行中の中、マルオとケロヨンは必死にキリコを励まし、また実験を中止させようとしていた。それを振り切るキリコ。マルオは、キリコに、「現在の“ともだち”はフクベエとは別の人物か」と問う。答えは、カンナの直感と同じだった。では現在の“ともだち”はいったい誰なのか････キリコは、“ともだち”がまだサークル程度の団体だった頃、フクベエが同年代らしき人物に頻繁に電話をかけていたことを思い出した。さらに、小学校時代のフクベエが、サダキヨ、山根、そしてもう一人のお面をかぶった少年がいたことを思い出す。いったい、誰なのか!?
キリコの症状はますます悪化したが、ついに24時間が経過した。キリコの作ったワクチンがウィルスに勝った瞬間だった。
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