さきの項でもふれたように、下関で沢村惣之丞とわかれた龍馬は一人九州へわたった。
伝記はこの点を、主に”河田小龍の感化による薩摩藩行き”として記述するが、当然視察は薩摩一藩にかぎったものとは考えにくく、他の雄藩や長崎など、九州各地をまわったであろうことは想像にかたくない。
また、文久元年（1861年）から二年（1862年）春にかけておこなわれた龍馬自身の「剣術詮議」の例から推して、今回も武市半平太による文久元年西国探索と同様ないし相似ルートが想起される。
伝記以外の異伝として『涙痕録』は脱藩後の動向について「宇和島より九州地に渡り更に転じて、長州に入り久坂玄瑞と謀る所あり、大阪に来りしなり」と伝えており、ほかにも四月には浪華にはいっていたとする『土藩坂本龍馬伝』の説や、三月に住吉へきていたという『勤王者調』の説がある。
これら異伝にたいする見解としては、さきに別項で述べた理由にもとづき、私的には「関雄之助口供之事」をある程度信用している立場上、その内容・記述とも矛盾しない、伝記資料にそって以後筆をすすめることにする。
（『涙痕録』の説では移動行程が「関雄之助口供之事」と齟齬し、『土藩坂本龍馬伝』・『勤王者調』の両説では三田尻到着後の行動とすると、時間的にあわただしいかの観がある。
両説にみえる大坂入りは、後述する『小原興一郎雑録』五月朔日条にもとづく誤伝ではなかろうか）
九州歴遊から本州にもどり、さらに上国へとむかった龍馬は文久二年六月十一日、大坂へ到着。住吉大社の通夜堂にて一夜をすごし、参詣人のため眠りから覚め、退散したなんて話がつたわっている。
その後、京都の沢村惣之丞、住吉の望月清平らと連絡をとり、上国の形勢や吉村虎太郎、吉田東洋暗殺後の諸情報を得、龍馬は即日京へとはいった。
このさい龍馬は田中作吾（望月の使い）から東洋暗殺の容疑者として、自身がマークされていることを告げられる。なお東洋暗殺の容疑者という点で、龍馬についてあげられる史料には下記などがある（ちなみに吉田東洋が斬られたのは文久二年四月八日）。
情報の正誤、容疑の強弱は兎も角、所謂”重要参考人”の一人として、ひろく注意されていたことは伺える。
もっとも、藩政府は既に那須信吾・大石団蔵・安岡嘉助らを去る五月中旬、容疑者の最有力として特定しており、六月時点における龍馬にたいする探索は、いきおい暗殺者のソレというより脱藩者にたいするソレであったろうかと思われる。
京都へはいった龍馬はここで江戸から土佐へ帰国途中の大石弥太郎に再会し面談。佩刀（拵）の不格好を怪しまれ「縁頭を売り、旅費に宛てたり」と答えたという話や、藩主の入京にさきだって宿舎候補の妙心寺へ検分におもむいたという話などがつたわっている。
六月中旬から八月にかけて、龍馬は目下のところ、京坂周辺に暫く潜伏することにしたようで、伝記には「烏丸通四条上ル沢屋」なる処へ寓居した旨が伝えられるし、『愚庵筆記』七月二十三日条には「龍馬に逢う、一円を贈る」と、大坂で樋口真吉に再会したことがみえている。
「葉を隠すなら森の中」というように、人口のおおいところへ潜伏するのも解らんではないが、わざわざ藩邸の置かれる要地ちかくに潜居する選択自体、いささか奇異に感じないこともない。
ただし、これも藩主入京にしたがう土佐勤王党同志たちと連絡のためと観れば、危険性という点では兎も角、龍馬の性格上、一応妥当ないし合理的な判断なのかもわからない。
斯くして、大坂での麻疹流行にともない足どめを食らっていた藩主一行は、八月下旬にようやく入京をとげ、それと相前後するように龍馬は八月（日付不詳）、江戸へ下ることになる。
（平成十八年十一月十八日記）
文久二年の潜伏