南の島でバカンス中のピカチュウとニャースたちのところに、おんぶポケモン・ペラップが、お宝のありかが示された地図を運んできた。ピカチュウたちは，お宝「ホエルオーのなみだ」が眠るという海賊船を目指して、海底大冒険に出発！はたして、「ホエルオーのなみだ」を見つけられるのか！？