記 ２００７年３月３１日
グリッドコンピューティングという言葉を聞いたことがありますか？ それはなかなか派手なニュースにはなりませんでしたが、非常に有意義に使われてきました。
シミュレーションをはじめとした学術計算には、時として途方もないハードウェア的処理能力が必要になります。地球シミュレータのようなスーパーコンピュータはそのために存在し、そして能力に相応しい、巨大なコンピュータシステムとして設計、実装されています。当然ながらそのようなシステムの構築には莫大な資金と巨大な設備が必要であり、完成したからといって、誰にでも無料で好きなだけ貸してくれるということはあり得ません。大学のスーパーコンピュータなら、ある程度自由になる場合もあるそうですが、それにしても通常は大学内に限られるわけです。
が、スーパーコンピュータを要する研究に予算が付かないからといって、その研究が重要でないわけではありませんし、巨大なスーパーコンピュータでも能力が足りないような問題だってあります。一方、世の中には、数日に一回しか電源を入れないようなＰＣだって、沢山あります。その能力を貸してもらえませんか？ 報酬はお支払いできませんが…。それがたとえば１００万台集まったら。ネットワーク経由で宿題を出して、解いてもらって、再びネットワーク経由で提出。一度に１００万もの問題が解けます。インターネットが生み出した、新しい可能性です。
Folding@Homeもそんなプロジェクトの一つです。多くの生命体でタンパク質が重要な役割を持っていることは、よく知られているところです。そして、そのタンパク質という物は、化学式上では全く同じでも、畳み込み(Folding)方次第でその機能は変わってしまうらしいです。一方、我々の体内では、これを迅速かつ正確に制御していますが、そのメカニズムはよくわかっていないそうです。ところで、タンパク質というのは非常に多くの分子から出来上がった化合物で、当然種類は多くなります。さらに、畳み込み方が違うと性質が違うとなりますから、全てを解析するには途方もないパワーが必要です。そこを世界中のＰＣで協力してやろうというのが、本プロジェクトなのです。
そして最近、そのプロジェクトにＰＬＡＹＳＴＡＴＩＯＮ３というツールが加わりました。その心臓であるCell Broadband Engineが凄まじい能力を持っていることは周知の通りで、一方ＰＳ３を起動して遊んでいる時間というのは、一般にそう長くはないものです。そして、ＰＳ３は現時点でさえ百万単位という数で存在しています。
|
見ての通り、私も参加しています。ソフトウェアはＳＣＥＩが用意したもので、起動すれば勝手に計算を始めます（最初はダウンロード＆インストール作業があります）。また、ＰＳ３を起動していて、かつ何も操作をしていない場合には自動的に起動するように設定することも出来ます。
このソフトの出来がまた、意外に良い（笑）。右下のタンパク質の模型は何かプルプル動いていて正直キモイ（笑）のですが、背景の世界地図はＰＳ３の大まかな所在地が輝点で示されていて、ああ、こんなところでもＰＳ３があって、参加している同志が居るんだな、と思わせてくれます。また、関連サイトへのアクセスなども起動したまま実行出来ます（処理が重いせいか、やや動作がぎこちないですが）。
私は2ch@PS3というチームに参加しています。モチベーションを保つ上では、チームを組むのも良いですね。変な名前で参加しているメンバーを見つけたりします。人によっては、他チームと、あるいはチーム内で順位を競ったり。まあ、ここへ来ると少々邪な魂胆とも言えそうですが（笑）
しかし、タンパク質の分析にそんな価値があるのでしょうか？ あるのです。
異常プリオンとかＢＳＥという言葉は聞いたことがあると思います。あれは異常プリオンというタンパク質が悪さをして脳を駄目にしてしまうのですが、この異常プリオン、通常のプリオンが正しく畳み込まれていない物だそうです。従って、タンパク質を知ることで原因を特定することが出来るはずです。原因を知ることで、初めて確実な対策を立てることが出来ます。ＢＳＥだけではありません。Folding@Homeのサイトでは、“アルツハイマー病、狂牛病(BSE)、 CJD、 ALS、 ハンチントン病、パーキンソン病及び多くの癌と癌に関連する症候群”にもタンパク質の異常が関わっているとしています。この中には不治の病とされているものも多くあります。本プロジェクトは、その全てに治療法への手掛かりを与えるのです。
ＰＳ３の驚異的な性能と有志一同の協力は、このプロジェクトのパワーを瞬く間に数倍にまで引き上げました。これは難病の原因を特定する時間を数分の一に…、すなわち、誰かが難病で苦しむ時間を数分の一に出来るかもしれないことを意味します。最後に、ウェブで見掛けた言葉を引用しておきましょう。
「テレビや映画が観られて音楽が聴けてゲームができて、それがどうした？ 私のゲーム機はガンを治すのだ」-- Jim Martz
米国スタンフォード大学のFolding@Homeページ（本拠地）
SCEIのFoding@Homeページ
千年帝国