HeadAC3heを使って音声ストリームから主音声と副音声を抽出します。
Source Fileを選択して、Input Channelsを�@のようにLeftにのみチェックを入れて、�AのようにDownmix TypeをMonoに指定すると、主音声を抽出できます。
同様に、Input Channelsを�@でRightにのみチェックを入れると、副音声を抽出できます。

すべてのタイトルについて、音声ストリームから主音声と副音声を抽出しおわると、次のようなファイルが作成されているはずです。

WAV音声のままオーサリングしても良いのですが、容量を減らすため、つぎに、ffmpegGUIを使って、抽出したWAV（主音声、副音声）をそれぞれAC3に変換します。

すべてのWAVをAC3に変換し終わると、つぎのようなファイルが作成されているはずです。

また見づらくなったので、不要なファイルを削除して次のファイルのみを残しておきます。