メタゲノム解析法を用いて、健康な日本人（１３名）の腸内細菌叢のもつゲノム／遺伝子情報を解析した。この解析から、腸内細菌叢の菌種組成、特異的な機能、大人と乳児（年齢）の違い、個人差などについての知見を得た。
　これらの成果は、健康増進及び疾病予防をめざした食の安全性評価や機能性付与、食と疾病の関係、健康診断法、病気におけるバイオマーカーの開発などに繋がると期待される。
　発表内容
　ヒトの腸内に常在する細菌群（細菌叢；フローラ）はヒトの健康と病気におおきく関係していることが知られている。
　ビフィズス菌や大腸菌などは腸内細菌叢を構成する代表的な細菌であるが、その構成細菌種は１０００菌種にのぼっており、その全体像やこれらが担う生理的役割や働きはほとんど知られていない。
　その理由の一つは大部分の細菌が個別に培養できない菌種であるところによると考えられている。　本研究では、細菌の培養を必要としないメタゲノム解析を駆使することによって、健康な日本人（離乳前乳児４名、離乳後幼児2名、成人７名の年齢が３ヶ月から４０歳代の男女計１３名、うち３及び４名からなる2家族を含む）の腸内細菌叢のゲノムDNAを抽出し、そのゲノム解析（ゲノム配列の決定とコンピュータ解析）を行った。　この解析から、２〜６万個の腸内細菌遺伝子/個人を同定し（計約６６万個の遺伝子、うち新規遺伝子は全体の２５％）、この遺伝子及び配列情報から腸内細菌叢の菌種組成、特異的に増えている機能、大人と乳児（年齢）の違い、個人差などについて解析を行った。
　その結果、
　１）離乳前乳児と離乳後（成人も含む）の間で遺伝子及び菌種組成が著しく変化する。
　２）成人及び離乳後幼児の腸内細菌遺伝子とこれ以外の環境（海洋や土壌）に棲む細菌遺伝子の比較から、腸内フローラに特徴的な遺伝子群を見いだした。これらには、食物中に含まれる多糖類の分解、DNAの修復、殺菌性物質に対抗する防御などに関わる遺伝子が含まれる。一方、離乳前乳児では、多糖類を分解する遺伝子よりも、母乳等に多く含まれる低分子の糖類やビタミン等を取り込む遺伝子群が有意に増えていた。
　３）すべての腸内フローラには、接合型トランスポゾン（動く遺伝子）に関連した遺伝子群が特徴的に増幅していた。このことは、腸管内が細菌間の頻度高い遺伝子水平伝播の「場」であることを裏付けている。たとえば、ひとたび抗生物質耐性遺伝子をもった細菌が腸内に侵入すると、接合型トランスポゾンを介して、この抗生物質耐性の他菌種への高速な伝播が腸管内で起こる可能性があることが示唆される。
　４）家族内（夫婦間や親子間）における腸内フローラは必ずしも似ていないことがわかった。これまで、親から子供への細菌の伝播が言われて来たが、このような伝播を示す証拠は得られず、個人には個人独自のフローラが形成されるようである。
５）これまで解析されてきた約４０菌種の常在菌（大腸菌など）のゲノム情報をリファランスとして用いたメタゲノムデータのマッピング解析から、約８０％の細菌種がいまだ未解析（未発見）であることが示唆された。つまり、メタゲノムデータの約８０％がこれら既知常在菌ゲノムにマップされなかった。
　以上の成果は、高齢化社会を迎えている我が国の健康増進及び疾病予防をめざした食の安全性評価や機能性付与、食と疾病の関係、健康診断法、病気におけるバイオマーカーの開発などに繋がると期待される。
　また、本研究で得られたメタゲノム配列／遺伝子情報（６６万個の遺伝子及び約７３０Mbの配列データ：これらのデータは２００７年１０月１８日に公的データバンクDDBJから世界にリリースされる）は世界最大であり、現在日欧米で計画されている国際ヒト常在菌叢ゲノムプロジェクト（Human Microbiome Project）の先陣をきるものである。