河川の中流から下流、汽水域、内湾まで広く生息しているようですが、数は少ないようです。東京湾や多摩川はかつては全国有数のウナギの好漁場でしたが、高度経済成長期の急激な汚染で壊滅したそうです。現在では千葉県産などの種苗を大規模に放流しています。成魚放流も盛んに行われています。それでも自然遡上の個体も少ないですがいるようです。
　ウナギはほとんどの都県の漁業調整規則で採捕制限があります。遡上するシラスウナギは養殖用種苗として重要な資源であるためですが、最近は遡上量が激減してしまい、商売にならないようです。養殖そのものが安い輸入物に太刀打ちできず苦戦していて、需要が減少していることも拍車をかけているようです。
　

　天然分布は利根川水系以北とされているので在来種としましたが、それ以外の首都圏で見られるワカサギのほとんどは移植によるもののようです。近郊の池沼やダム湖、そこから流下する河川にも見られることがあります。海につながる潟湖などが本来の本種の生息環境のようですが、容易に陸封されるため定着しているところもあるようです。
　霞ヶ浦は全国有数の産地であり、かつてはここの発眼卵が全国の湖沼に移植されたそうです。しかし近年漁獲量の減少が著しく、逆に諏訪湖産などの発眼卵を入れたり人工孵化による増殖に取り組むなど大変な状況にあります。代わりに似た食性を持つペヘレイが爆発的に増加して深刻な問題になっています。
　若い個体は幼魚期のアユと似ていて悩みましたが、腹鰭前端が背鰭前端直下またはやや前方に来ることから、後方に来るアユと明瞭に区別できると分かりました。

　生息水域は多いです。最近は都市河川では水質の向上、魚道の改良などにより天然アユの遡上量が増加傾向にあるようです。しかし釣り需要には追いつかないため、琵琶湖産アユや他水系産アユもまた大量に放流されています。本種の遺伝的問題のみならず、他魚種混入による移入問題は全国各地で深刻で、経済最優先の内水面利用が果たして今のままでよいのか考えさせられます。

　河川汽水域に生息しているようです。霞ヶ浦は有名な産地ですが、常陸川水門による淡水化の進行、富栄養化により、昔とは比べるべくもないほどに減少してしまったそうです。

　河川上流部に生息しています。生息水域は多いですが種苗放流によって維持されているところがほとんどです。管理釣り場も多く、山間部の重要な観光資源になっています。
　東京都水産試験場はいち早くイワナ、ヤマメの多摩川水系産個体の種苗生産に乗り出し、地域固有の遺伝子保全の重要性を世に広めたようです。しかし地元水系産の種苗なら放流で資源維持すればいいわけではありません。渓流魚を見ると内水面利用の難しさをひときわ強く感じるのです。

　非常に多く生息しており、最も普通に見られる魚のひとつです。河川改修された平瀬の単調な環境が生息に適し爆発的に増加したとの説明は有名です。しかし実際は上流下部から下流域まで、止水域からかなり速い流水域まで様々な環境で見られます。
　虹色の婚姻色に染まった雄同士が平瀬を駆けめぐる闘争は夏の風物詩ともいえます。漁業権魚種であり、多くの河川で大量に放流されてきました。オイカワの生息に適した水域が多いため、最近では産卵場の造成だけのところも増えています。

　生息水域は多いです。また河川の上流域から河口域、湖沼にわたるまで非常に広範囲に見られます。
　漁業権魚種であり、一部水系では北海道産種苗が放流されているようでエゾウグイも確認されているようです。他にも北方系の魚が混入している可能性があり、問題を強く感じます。最近では産卵場造成だけの水系も増えています。
　産卵期の春には３本の橙色のラインを有した美しい姿を見せてくれます。

　関東以北に生息する大型のウグイの仲間です。汽水域および内湾に生息しています。桜の花咲く頃、中流部に大挙して遡上し流速の早い浅瀬で産卵します。ウグイよりも急流を好み、体も巨大なことから体が水上に躍り上がりながら産卵に没頭する姿は勇壮な春の風物詩です。

　非常に多く生息していて、上流域から下流域まで広く見られます。水流の緩いトロ場を好み、淵に多く群れています。水温の低い用水路で群れる小魚の多くはこのアブラハヤの稚魚です。
　幼魚期のウグイに似ていますが、体表面に特有のぬめりがあり、背鰭基底後端に尻鰭前端が来ることから区別できます。

　非常に多く生息しており、最も普通に見られる魚のひとつです。コイ、フナ類、タモロコとともに「かなり汚れた川」を示す指標生物の中でも最も耐汚染度の強い魚で、都市部の汚染の進んだ水域でも多く見られることがあります。
　止水域を好み、河川下流および池沼に多く見られます。関東地方では「クチボソ」と呼ばれ、餌取りとして嫌われています。
　繁殖期には雄の縦条は消え全身が漆黒に染まり、雌は黄色のお腹を膨らませ、これがモツゴかと見間違うほど美しい姿を見せてくれます。タナゴ類の絶滅した関東の多くの地域で、オイカワとともに春の到来を教えてくれる魚です。
　埼玉県東部地方では食用魚として重要視されてきましたが、産卵時期は個体によりばらばらで養殖には向かないため、代用魚としてホンモロコの養殖が最近盛んに行われるようになっています。
　関東地方には本来生息していなかった可能性があります。多くの魚とともに天然の分布域は中部地方以西で、有史の古い時期にコイ、フナなどとともに東進し、関東地方に生息していた同属のシナイモツゴに置き換わる形になったとも考えられています。現在東北地方で急激な「モツゴ化」が進んでおり、混入を招くむやみな放流はできるだけ避けるべきだと思います。