河川の上流から下流、湖沼、用水路など、色々な場所で見られ最も普通に見られるエビです。いずれの場所でも水草や抽水植物など障害物の多い、流れの緩やかな場所を好んで生活しています。汚濁の進んだ水域や外来魚の多い水域では見ることができません。水域の健康度の指標になると思います。
ヌマエビの亜種で、関東のものはヌマエビではなくヌカエビとされています。その差異は頭に突き出ている額角上部の歯が先端から眼の上までで終わっているのがヌカエビ、眼より後方にも数個あるのがヌマエビとされます。ルーペなどを用いないと見分けはつきません。
色彩は変異に富み、透明のものから褐色、緑色、黒色と様々です。模様も背中に灰〜黄色の縦帯を有していもの、体全体にごま状の細かな点をまぶしているもの、側面にモザイク状の模様のあるものなど、多様です。異なる生息地間のみならず、同所に生息する野生個体間でも変異が大きいことがあります。湧水域などの冷水域で採れる個体は黒色のものが多い印象がありますが、確かなことは分かりません。
基本的に付着藻類などを好む草食性ですが、死魚などにも群がることがあります。最大でも4cm程のエビですので、同居魚には気をつけてください。私は特にエビ用の餌は与えていませんが、時折プレコ餌を与えることもあります。
春から秋の長い期間にわたって抱卵している個体をみかけます。いつも魚と混泳して飼ってきましたので繁殖の経験はありません。他の多くの淡水産エビ類と同様にヌカエビは小卵型のエビで、幼生期は汽水域で生活するため、淡水での繁殖は難しいと思います。しかし野生下では砂防ダムなどの上部でも数多く生息していることがあり、簡単に陸封されていることを考えると繁殖は可能なのかもしれません。機会がありましたら条件を色々変えてトライしてみたいと考えています。